Многие животные, обитавшие в Северной Африке в римскую эпоху, к настоящему времени вымерли, в том числе крокодил, бегемот, жираф, буйвол, слон и лев (берберский лев).

В пустынных областях Марокко водятся газели и многие виды змей, в частности гадюковые.

На плато Среднего Атласа встречаются кабаны, лисицы, рыси, шакалы и бесхвостые макаки, а в высокогорьях Высокого Атласа – гривистый баран (Ammotragus). Тропические виды фауны представлены отдельными экземплярами хищников – пантеры и гиены. Лошади были завезены в страну примерно в 1600 до н.э., а одногорбые верблюды (дромедары) появились здесь с исламскими завоевателями в 7 в.

Марокко находится на пути сезонных перелетов птиц между Европой и Африкой. Здесь часто можно видеть аистов и их гнезда. В сельскохозяйственных районах обычны совы, кукушки, сизоворонки и сороки, а на болотах – цапли. В горах нередко встречаются сарычи, грифы, беркуты, ястребы, коршуны, пустельги и дербники.

Воды Атлантики изобилуют ценными породами рыб: сардины, тунцовые, макрель, анчоус, мерлан и др. Южнее Агадира встречаются большие колонии ракообразных: лангусты, омары, крабы.

Пресноводная ихтиофауна представлена следующими видами – угорь, вьюн, форель, лобан, усач.